《秘密授课》是一部带有悬疑色彩的校园恋爱漫画。天才大学生苏哲，为了偿还巨额债务，接受了一份高薪的家教工作。然而，当他来到学生家中，发现对方竟是学校里最神秘、独来独往的财阀千金夏洛樱。夏洛樱的课程只在午夜进行，教材是无人见过的古老书籍，更诡异的是，随着授课的深入，苏哲发现自己被卷入了一场关于古老家族和超凡力量的漩涡之中。
夏洛樱告诉苏哲，家族的试炼即将开始，而他就是被选中的“钥匙”。午夜的钟声敲响时，他们必须进入家族的古堡地下，找到第一件信物。
在授课中，苏哲破解了古老书籍中的一段密文，发现这并非普通的知识，而是关于操控“时间碎片”的秘术，这让他既兴奋又感到一丝恐惧。
夏洛樱的未婚夫突然到访，对苏哲的存在充满敌意。他警告苏哲远离夏家的事务，这让苏哲对夏洛樱的处境和这场授课的真正目的更加好奇。
夏洛樱因家族事务被追杀，深夜躲进了苏哲的公寓。苏哲第一次看到她脆弱的一面，两人在狭小的空间里关系发生了微妙的变化。
苏哲发现教材里夹着一张旧照片，照片上的人与夏洛樱极其相似，但年代久远。他开始怀疑，这场秘密授课的真相远比他想象的更加复杂。
苏哲怀着忐忑的心情在午夜准时按下门铃。夏洛樱穿着校服，神情冷漠地打开门，要求他不必教课本知识，而是教她如何像一个“普通人”一样生活。